Керівники проектів, що фінансуються з державного бюджету, обираються на конкурсних засадах. Право на участь у конкурсі на керування фундаментальним або прикладним проектом державного фінансування надається досліднику відповідного фаху та досвіду, що підтверджується публікаціями, науковими ступенями та званнями незалежно від місця його основної роботи. Перед поданням Запиту на фінансування, майбутній керівник вносить до Вченої ради МЦМФ свій проект перспективного напрямку досліджень в межах Основних напрямків наукової роботи МЦМФ та заповнює анкету керівника. Перевага надається тим науковцям, які наберуть найбільшу кількість балів за анкетою. Обраний за результатами конкурсу науковий керівник подає до Відділення БФМБ НАНУ затверджений Вченою радою МЦМФ Запит на фінансування за існуючою формою.

Продовження фінансування теми на новий термін попередньому керівникові без оголошення конкурсу надається, якщо:

1. Керівник теми є постійним працівником МЦМФ;
2. Закінчення теми по МЦМФ настає раніше завершення робіт по міжнародних грантах, в яких даний керівник і, відповідно, МЦМФ є відповідальними виконавцями.

З керівником Запиту, який отримає фінансування, укладається контракт, та обумовлюються фінансові й організаційні умови.

Кошти, які надаються на виконання теми, можуть частково, або повністю покривати заробітну платню керівника і виконавців¹, а також забезпечувати придбання необхідних матеріалів ^2,3.

¹ Кількість виконавців, включаючи керівника та частка їх зарплат залежить від того, будуть виконавці постійними працівниками, чи сумісниками, від частки їх трудових затрат та коштів, виділених на тему.
² В межах наявних коштів.
³ Для виконання досліджень МЦМФ всіляко заохочує використання матеріальної бази організації, яка є основним місцем роботи керівника теми.